小分子RNA標的遺伝子解析
Identification of miRNA target genes by RNA sequencing
（担当：田原 栄俊）
(Member in charge: Hidetoshi Tahara)
【概要】
Summary
microRNA(miRNA)は、タンパク質に翻訳されない非翻訳型RNAの一つである。miRNAは20数塩基からなり、主に内在的なRNAサイレンシング機構を担う非翻訳型RNAである。siRNAが、ピンポイントに標的遺伝子をノックダウンするのに対して、miRNAは、複数のmRNAを標的とすることができ、それらの遺伝子が関わるネットワークのファインチューナーとして機能している。miRNAはRNA結合タンパク質であるAgoタンパク質と結合しRISC(RNA-induced silencing complex: RISC)複合体を形成する。miRNAの標的となるmRNAはRISC複合体に取り込まれ、一般的には、その発現が負に制御される。本支援では、Agoタンパク質に対する免疫沈降後にRNAシークエンスを行うことで、miRNAの標的遺伝子群の探索をサポートする（図１参照）。また、同定した標的分子に対する機能解析（次世代シークエンサーを用いた解析やsiRNAのデザイン・作製など）に関しても必要に応じてサポートを行う。
microRNA (miRNA) is large group of small (~22 nucleotides), single-stranded non-coding RNA. miRNA is mainly associated with gene regulation at post-transcriptional level via modulating the stability and translation of mRNAs. Therefore, miRNAs are involved in various biological process such as cell division, differentiation, proliferation and apoptosis. Whereas siRNA suppresses its one specific target gene, miRNA can target multiple mRNAs and act as a fine tuner for a number of biological networks. miRNAs bind to Ago protein to form the RNA-induced silencing complex (RISC). miRNA recruits the RISC to target mRNA and mediates the gene silencing by either target mRNA degradation or translational repression. In this program, we support the identification of miRNA target genes by RNA sequencing coupled with AGO2-immunoprecipitation (Figure 1). We also support the NGS analysis and siRNA design/synthesis for further investigation of the target molecules.
【支援内容】
Support
- 事前に研究内容および実験条件について面談が必要になります。
- 解析対象となる細胞にmiRNAとコントロールmimicをそれぞれ導入後に、本支援グループにお送りください。
- AGO2抗体を用いた免疫沈降後にRNAシークエンスを行います。
- 本支援は、基本的に研究者お一人年一回までになります。
- siRNA支援、マイクロRNA支援とも、トランスフェクション試薬などは、配付しておりませんので別途ご用意ください。こちらでトランスフェクションのプロトコールなどはご提供いたします。細胞によって、最適化が必要な場合もありますので、あらかじめ別の核酸で確認されることをお勧めします。
- Please send us your samples after transfection of miRNA or control mimic into your target cells.
- We will perform the AGO2-immunoprecipitation and RNA sequencing using your samples. If you need further analysis of the target genes, we will support the NGS analysis and siRNA design/synthesis.
- Each user can only use this program once per year.
- Users are not provided with transfection reagents.
【条件】
Conditions
本支援は下記条件を遵守することを前提と致します。
- 商用目的の解析は支援対象外とします。
- 原則、科学研究費補助金を受給している日本国内の研究者（研究代表者または研究分担者）にのみ分与される。
- サンプルの配送費用は自己負担とする。
- 結果の公表の際には、使用者は下記の要領で当班に謝意を表さなければならない。
: 文部科学省 学術変革領域研究 先端モデル動物支援プラットフォーム・分子プロファイリング支援活動班（課題番号22H04922） - 公表した旨を当班に報告する。また、公表した旨を支援班に報告する
- 申込書に不備のある場合や上記注意事項が守られない場合は、受付出来ないことがある。
- For Research Use Only
- This program is only available to researchers with a Grant-in-Aid for Scientific Research (KAKENHI).
- Users must pay the delivery fee for the samples.
- Users must acknowledge our program when they report their results at academic conferences or in publications (please contact us prior to publication or presentation using the following e-mail address: cads@jfcr.or.jp)
- Please use the following template for the acknowledgement: Molecular Profiling Committee, Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas “Advanced Animal Model Support (AdAMS)” from The Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan (KAKENHI 22H04922).